Postopek je Komisija začela na lastno pobudo julija 2023 in nato prejela še prijavo z enakimi očitki. Komisija je namreč med obravnavo zadeve v zvezi z domnevnim nedovoljenim izvajanjem pritiskov na nekdanjo notranjo ministrico Tatjano Bobnar in druge zaposlene na MNZ zaznala sum kršitev nasprotja interesov takratnega državnega sekretarja na MNZ. Aprila 2023 je postal zunanji sodelavec predsednika Preiskovalne komisije o ugotavljanju morebitne politične odgovornosti nosilcev javnih funkcij zaradi suma nedopustnega političnega vmešavanja v delo policije in drugih pristojnih državnih organov s področij davkov in preprečevanja pranja denarja ter nedopustnega političnega vplivanja na potek oziroma izid posameznih predkazenskih postopkov in postopkov finančnega nadzora ter odkrivanja in preprečevanja pranja (preiskovalna komisija), hkrati pa je bil tudi priča v isti zadevi.

Na podlagi pregledane dokumentacije Državnega zbora in javno dostopnih podatkov je Komisija ugotovila, da so bili člani preiskovale komisije o morebitnem nasprotju interesov Branka Lobnikarja seznanjeni, zato ni bil nikdar prisoten na sejah preiskovalne komisije, prav tako mu je bil onemogočen dostop do gradiva, pri prebiranju katerega bi lahko prišlo do nasprotja interesov (gre za gradivo iz obdobja med 1. 6. 2022 in 21. 2. 2023 ter se nanaša na delovanje in poslovanje MNZ, Policije in odločanje Vlade kot kolegijskega organa).

A ker Komisija ni pristojna za ugotavljanje nasprotja interesov na tem področju, pač pa je za pravilnost izvajanja Poslovnika o parlamentarni preiskavi in s tem spoštovanja določb o nasprotju interesov (ali je lahko priča v zadevi, ki se preiskuje, imenovana za strokovnega svetovalca preiskovalne komisije) pristojna Komisija za poslovnik v okviru Državnega zbora Republike Slovenije, ji je zadevo odstopila v obravnavo. Kršitev iz lastnih pristojnosti ni potrdila, postopek pa zaključila.